Nel III° secolo la Sicilia subì le invasioni barbariche e fu occupata dagli Ostrogoti, finché Giustiniano e, per lui, Belisario riuscirono a riconquistarla all'Impero Romano d'Occidente.

Da questo momento iniziarono le scorribande piratesche sulle coste siciliane, che cominciarono ad essere abbandonate dalle popolazioni che si ritirarono verso l'interno.

Questo fatto sconvolse ancora una volta gli equilibri socioeconomici dei paesi dell'entroterra che videro aumentare progressivamente sia la loro popolazione che i loro commerci.

Capizzi in breve si trasformò da villaggio in città; si arricchì di molte vie di comunicazione: cinque "trazzere" la univano a Troina, Mistretta, Santo Stefano di Camastra, Caronia e San Fratello.

I Bizantini crearono a Capizzi una vera cittadella, oggi quartiere " Casalini ", facente perno su tre chiese Santa Sofia, S. Teodoro e San Zaccaria (oggi inesistenti), e con la sua acropoli nella Chiesa di San Nicolò di Mira (oggi di Bari) " con la porta maggiore ad occidente e il santuario ad oriente, come era costume delle Chiese orientali".

Dall'827 al 966 d.C., quando l'ultima roccaforte greco-cristiana Rametta capitolò, gli Arabi invasero e soggiogarono la Sicilia.

Giunsero a Capizzi verso l'860 e la chiamarono Qajsi o Kabith; vi eressero un castello con funzione di fortezza e carcere; crearono un nuovo quartiere, denominato " Raffo ", dove si insediarono prevalentemente i nuovi immigrati musulmani, arrivati in Sicilia a causa della peste scoppiata in Ifriqija. Si parla di 27.468 abitanti di cui 18.118 Musulmani e 9.350 Cristiani, nel periodo.

Tracce della cultura urbanistica islamica sono ancora evidenti nel tessuto urbano: la viabilità, infatti, è caratterizzata da uno spezzettamento dei percorsi principali in una serie di stradelle e gradinate che salgono verso la zona del Castello con un andamento a zig zag, ricollegabile anche ad una esigenza difensiva interna allo stesso abitato.

Anche questa cultura cambiò i modi di vita dei capitini : a Capizzi, come del resto anche nel resto della Sicilia, furono confiscati i beni demaniali e affidati ai nuovi coloni; gli arabi decretarono, inoltre, che chiunque avesse reso fertile un pezzo di terra ne diventava proprietario.

Aiutarono questo risveglio economico anche le nuove tecniche di produzione introdotte dai nuovi coloni